应自己奢侈生活的时候，就想把这个王士性给抓起来，但苦于没有借口，只好让手下的人去秘密调查王士性，终于抓到了王士性的把柄。
第一，王士性的教义就是现在的天下就是一个十恶不赦的地狱，我等凡夫俗子，只能诚心信奉救世主菩萨，才能得到救赎，这便是隐射当今朝廷，当然这是手下找到的第一个把柄，对于这种相对于文字狱一般的罪责，孙传庭是不屑于使用的，而第二条罪责，也是让孙传庭下令抓捕王士性的主要原因，王士性在教书的时候，曾经杀害一个老汉，因为王士性异常狡猾聪明，官府一直没有把罪犯缉捕归案，故孙传庭下令保宁府知府，立即抓捕王士性，因为王士性在本地很有威望，官府的行动应该是秘密进行的，但殊不知，去抓捕的衙役中有一人是王士性的信徒，这人在得到消息后，立即去通知了王士性，王士性得知消息后，大惊失色，连夜逃出他的神庙，并在两日后，发动了这场史称，神庙之乱的事件。
王士性聚集两千多精壮信徒，在黎明的时候进攻保宁城，当时城上的士兵不足百人，看到一两千农民模样的人，向城池冲来，喊打喊杀的，吓了一跳，立马关闭城门，吹响了号角。
保宁府城高墙坚，又有四千余名守军，这些乌合之众当然打不下来，丢下了几具尸体后，就逃窜而去，保宁守备胡均，唯恐城外有埋伏，也不敢派人追击。