内的清流一派安定下来，理顺了朝廷的政务，使得朝廷表面上恢复了以往的正常模样。然而，以王允为代表的清流一派，效忠的是大汉朝的皇帝，也就是仍被董卓软禁的汉少帝。王允在有意无意当中排斥着董卓，执意要向汉少帝禀报政务，让汉少帝掌管朝政。这让董卓很不舒服，如今天下未平，汉少帝乃是不足弱冠，软弱无能的小儿，行事完全听从何太后的安排，怎能将朝政交付给他？真要把朝政交出，岂不是又落入何太后的掌控，到时外戚又会入主朝廷，天下将会永无安宁。
而袁绍、曹操等人也不安分，他们对董卓的安排很不满意，他们想掌管更多的军队，他们背后的世家想从朝廷得到更多的好处，最好是将他们封王封侯，同时分得大片大片的封地。而这些是董卓不愿意给他们的，也不能给他们的，因为那样于朝廷不利。
世家早已自成势力，就像曹氏一族，独霸谯县，建立私军，如果再让其扩大封地，朝廷无异于养虎为患。
董卓在未知的道路上越走越远。