百二十人（多为老弱病残）；日军阵亡将士六千三十四人，主要集中在南门和东门。
此役过后，全罗道再也无险可守，日军北上数百里如入无人之境。十二月二十三日，大军攻占全州南部重镇任实，陈愚忠闻讯大惊，连夜率领所部四千兵马北撤，拱手将全州让给了秀元。
第二天清晨，秀元率军团主力浩浩荡荡地开进全州城，众大将在府衙内召开军议，得知此前一天，秀忠已经率部攻陷闻庆，准备越过鸟岭进入忠清道。听闻此讯，众将哗然，纷纷要求秀元立即启程，赶在秀忠之前入主清州，决不能丢了西路军的脸面。
此时秀元却听闻伽倻山城义兵四起，对粮道构成威胁，于是便命锅岛父子率所部七千人南下平叛，顺带驻守昌原；其余诸将则按照原计划继续向北推进，争取三日内抵达清州城下。
听闻明军一溃千里，麻贵坐不住了，立即召见朝鲜领议政柳成龙，让他吩咐朝鲜水军即刻出击，切断日军海上粮道，为明军争取时间。柳成龙欣然领命，南原之战让明朝丢了脸面，如果这时候朝鲜水军能取得胜利，今后联军的发言权也会进一步的提升，到那时，朝鲜军队就不单单是明军手上的玩具、脚边的忠犬了。