神盾局原来已经有四大监狱了，分别是：豪宅、立方、穹顶和孤岛。
“豪宅”是神盾局最大的不设防监狱，位于纽约州。它被第一代蚁人汉克·皮姆博士的皮姆粒子缩小，其中关押有超能力的罪犯。放置在神盾的天空母舰上。豪宅和其中的犯人都被皮姆粒子缩小以至于其中的犯人变得极其容易控制。皮姆博士原想设计成专门关押基因组被改变的犯人，并为他们提供治疗机会的专门机构。但是后来因为机构改革，“豪宅”被并入了朗纪念监狱，而且变成了一个单纯的缩微化监狱，所以有时它被戏称为“蚂蚁农场”。
“立方”原来是一个神盾局的一个外星生命研究所，是神盾局的九个秘密基地之一，坐落地点属于高度机密，有人说它在第五十一区里。它是一个专门关押在地球上犯有严重罪行但是又有科学研究价值的外星罪犯的监狱，里面的罪犯全部都是外星生命。这座监狱除了作为刑罚执行场所之外，还是一个对外星生命进行研究的机构，据说罗斯威尔外星人就是在那里被解剖的。
“穹顶”坐落于科罗拉多的落基山脉之中，“穹顶”是一个专为囚禁超能力罪犯和没有研究价值的外星罪犯所设计的巨大监狱。它是由托尼·史塔克所设计，后来发生了一次大规模越狱事件，监狱被钢铁侠所摧毁，它的职能被坐落于反物质区的42号监狱所替代。
“孤岛”也是一座关押各种超能力罪犯的监狱，位于纽约的赖克岛旁边。监狱发生过一次大规模越狱，之后在“孤岛”监狱的庭
4新模范监狱(1/4)