但是木叶高层之间对这件事有个猜测，那就是宇智波族的人操纵了九尾，因为能控制九尾的只有拥有写轮眼的宇智波族。于是在木叶高层的要求下，宇智波便被迫将家族迁到木叶村隅居住。
时隔年，宇智波族人终于忍受不了己方势力与名望的削弱，决心夺回最初的地位。其中鼬的父亲宇智波富岳成为叛乱的策划者与领导者，他逼迫鼬成为暗部员替宇智波族获取木叶上层情报，鼬不得已只得进入暗部。
在第三次忍界大战中，年仅四岁的鼬就目睹了太的死亡，对于这么小年纪就经历战争的他来说，战争简直就是地狱。这个创伤使鼬厌恶战乱，从此成为个热爱和平的男人，他将村子的安定放在第位，为和平尽心竭力，没有被族的瓶颈所束缚，成为个热爱村子的忍者。
而木叶上层利用鼬热爱和平，不忍战乱的心理逼迫其监视宇智波，从此，鼬成为了名在木叶与宇智波政治夹缝中权衡利弊的双重间谍。
他将族人叛变的计划透露给了木叶上层，上层给他下达了灭掉宇智波族的残酷命令，并威胁他说，如果鼬不动手的话，将会由他们动手。
在族与木叶村，乃至于整个忍者世界的和平之间权衡利弊，此时此刻他面临着和平与挚亲之间的选择，最终他还是选择忍痛亲手降下宇智波族的帷幕，背负弟弟对他的憎恨离开村子。鼬痛苦地接受了这个机密任务，因为他不忍心让人经历战乱，面临家破人亡妻离子散的悲哀。
知道这件事真相的，除了木叶上层
4A04 血染之夜(6/10)