长途运输不是简单的活，不过琼海军在山东积累了不少经验，形成了一套相对完整的流程。首先是进行初步的甄别，发动群众指认混在人群中的流民军头目，揪出来一一处死，消灭了可能产生暴乱的源头；然后按身体状况和年纪大小分成若干批轮流登船，年老体弱、身体有病的先留下来调养，身体相对健康的青壮先走。至于在山东那一套安家费之类的动员程序就省掉了——这些来自陕西、甘肃等地的流民与山东本地饥民不同，全都是背井离乡、无家可归的人，只要指条明路能活命就成，根本不需要动员解释。
因为怕路途遥远、船舱密度大会造成途中大量人员生病或死亡，即使有足够的运输船，每批安排的流民数量都很有限，一次不超过五千人，每次往返需要一个多月，刘烨也就不急着离开南京，亲自留下坐镇——毕竟南京不比山东，作为留都地位非常敏感，权力结构和官场情况也复杂的多，而且也没有林天明这样的自己人，要是再出一个常昆这样的人兴风作浪，没有刘烨本人在应付不来。