下的真投降，自己不费吹灰之力就可大功告成，因此决策招抚。他向朝廷报告之后，得到了兵部尚张凤翼的支持，经崇祯皇帝亲自批准，随后与流贼达成招安协议：由陈奇瑜按农民军数目，每一百人派一名安抚官加以监视，负责遣返原籍安置；所过府县由当地政斧供应粮草；同时檄止官军进兵，以免发生冲突。
此次招抚人数达到了四万多人，流贼用这种办法巧妙地渡过了难关，就在一天夜间，“尽缚诸安抚官，或杀、或割耳、或杖责、或缚而掷之道旁。攻掠宝鸡、麟游等处，始纵横不可制矣。”
陈奇瑜这时才如梦初醒，自知闯下了大祸。他先归罪于宝鸡知县李嘉彦，说他阻挠抚局，杀降激变；继之又把责任推给陕西巡抚练国事。朱由检不了解实际情况，又因这次招抚是自己批准的，出于护短的心理，先后下令逮捕了李嘉彦、练国事等人，命李乔接任陕西巡抚。不久，由于给事中顾国宝和陕西巡按傅永淳等人，纷纷上疏指责陈奇瑜主抚误了大事，朱由检才决定将陈奇瑜革职拿问。
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