南方的威胁也算是彻底解除，方原可以放心大胆的率军撤离台湾了。
撤离之前，方原任命纳吉为台湾总兵，主持台湾军务，留下了五千善于山林作战的山地特种营的军士留驻守台湾，以备不测。他担心纳吉会与主持政务的陈鼎父子难以形成合力，又将双方叫到了一起，划分了双方的职权范围。
主持军务的纳吉只能负责招兵、募兵、练兵之职，不许越线去干涉政务。而陈永华父子，也不能随意调动这支山地特种营。若有紧急军务，可双方协商决定出兵事宜；若军情并非紧急，则需报知闽广总督府下令后，方能调兵。
若双方有任何矛盾冲突，严禁任何私刑、私斗，须交由闽广总督府来明辨是非。
五日后，方原率领一万玄甲军士，还有施琅、施福的两支舰队，浩浩荡荡的从台湾城、鸡笼城分两路出发，分别回到了镇海卫、泉州二港驻扎。