起义军在中原流动作战，更是明朝腹心之患。
杨嗣昌莅任前的崇祯九年七月，陕西巡抚孙传庭在黑水峪大破起义军，生擒高迎祥，局面有所好转。
杨嗣昌在守制时关心时局，因此在出任兵部尚书后，就已对明朝的未来有了详细的规划。
加上他熟悉典章故事，工于笔札，富有辩才，每次皇帝召见时，都能思如泉涌，侃侃而谈，与前任兵部尚书的呆滞木讷之状迥然不同。
因此崇祯帝每次召见他的时间都远远超过规定时间，对他几乎言听计从，甚至惊叹：“用卿恨晚！”
就在杨嗣昌紧锣密鼓地指挥围剿农民军的同时，亦开始筹划对清议和的事宜，以缓解明朝的外部压力。
崇祯十一年三月，杨嗣昌上疏重申攘外必先安内的主张，力主对清妥协，集中全力平息“中原群盗”。
尽管多数朝臣反对此议，但崇祯帝却非常赏识，加上杨嗣昌无偏无党、勇于任事，崇祯对他更加信任。