计一年160万日元左右。本部以下设总务部、4个研究生产部和教育部。
本部的总务部，除负责第100部队总务、后勤、医疗、卫生等工作外，还设置了一个种植实验场。
第一部，为其实战研究部门，以下又分为若干分部。通过细菌和病毒的实验，来确定鼻疽、炭疽、传染性贫血及植物病毒的效能和传染方法。同时，每年都要在安达特别实验场等地进行“实战演习”，以寻求研制出大批使炭疽菌、牛瘟和羊瘟病毒及各类毒药成为进行细菌战的最适宜的武器。
第二部，是该部队的主要部门，负责各种细菌、病毒的研究和制造。下设细菌、病理学、实验动物管理、有机化学和植物学等五个分部。其细菌学分部从事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作，并研究和大批制造牛瘟、羊瘟两种病毒。植物学分部研究细菌毒害或传染植物的方法。1943年10月，又决定增设第六分部，任务是大量增殖炭疽菌、鼻疽菌和锈菌，并在地下特种仓库内保存这种细菌。
还有制造血清疫苗的第三部，负责饲养动物的第四部，负责培训专业技术人员的第五部。第五部，是教育部，又称531部队。关东军的兽医下士官候补生，一直由第五部负责教育，1943年以后，关东军的兽医干部候补生，也不再由东京陆军兽医学校培训，而改由第100部队代培。毕业后，由关东军统一分配到各军团去工作。
另外，第100部队还先后在大连、海拉尔、拉古、佳木斯、四平设有5个支队，
第八十四章 灰飞烟灭(4/8)