到内阁，黄道周痛心疾首之余，作了《矫轻警隋文》篇来提醒同事们，如今的大明王朝正是多事之秋，要注重实务而不能过于骄傲放纵，黄道周此文引经据典，写得既生动形象，又引人深思，黄道周也因此得到了翰林院的同僚尊敬和器重。后来魏阉在朝堂中专权日盛，黄道周看不惯魏忠贤的所作所为，于是放弃了远大的前程，辞官而去。
黄道周在崇祯年间被重新启用，担任经筵日讲官。他在崇祯皇帝举行的会议上，当场连珠炮似地质问杨嗣昌，为何要急着和建虏签订城下之盟，为何要掩盖卢象升之死的真相，为何迟迟不给卢象升收敛。当时，崇祯皇帝看杨嗣昌辨论不过黄道周，他公开偏袒杨嗣昌，当着众人的面说黄道周只有一张巧嘴，不像杨嗣昌那样能任事。黄道周厉声反驳道：”忠奸不分，如何能冶国！“崇祯皇帝一气之下，将黄道周连降六级，贬到江西。但正是因为朝堂上有黄道周等人为主的朝堂主战派，杨嗣昌、高起潜等人的和议，最后才不了了之。