等因素，使气候变得多种多样。科迪勒拉的外坡，到南纬27°上升为6，096公尺，以后开始下降，到哥伦比亚安地斯山脉为4，572公尺。与世界其他山区一样，由于方位、纬度、昼长和迎风面及其他因素相互作用，产生各种不同的小气候。特别是秘鲁，因为小气候众多，是世界上自然环境最复杂的地区之一。
降水量变化很大。南纬38°以南年降水量超过508公厘，往北降水量减少，并有明显的季节性。再往北到玻利维亚的阿尔蒂普拉诺高原、秘鲁高原、厄瓜多尔的谷地和哥伦比亚的稀树草原，降雨适中，但雨量悬殊很大；在秘鲁西科迪勒拉的西侧降雨量甚小，在厄瓜多尔和哥伦比亚降雨量有所增加，在东科迪勒拉的东侧经常下大雨，并有季节性。
温度随高度不同有很大的变化。例如，在秘鲁和厄瓜多尔安地斯山1，494公尺以下为热带气候；向上至2，499公尺为亚热带气候，昼间炎热，夜间温暖。