这本多卷本编年体史书，虽被誉为“体例严谨，脉络清晰，网罗宏大，体大思精，史料充实，考证稽详，叙事详明，繁简得宜”，但司马光编纂之时，也留下了不少错误。
宋朝的朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。在前世也有不少史学家指出《资治通鉴》对台二十八将的排列顺序有误；两《唐书》将“特勤”误为“特勒”，《资治通鉴》对此并无纠正，将错就错，《资治通鉴》卷一六四：“土门自号伊利可汗，号其妻为可贺敦，子弟谓之特勒。”《通鉴考异》：“诸书或作特勤，今从刘昫《旧唐书》及宋祁《新唐书》。高安陈汝奇在《陈氏甘露园长书四论》认为《资治通鉴》将只见诸野史的杨贵妃、安禄山之事纳之正史而失之客观。杨峥本以为只写只有史学家才能发现的，哪知道这丫头着实本事不小，除这一点之外，还有指出了不少错误指出，杨峥虽然不懂史书，但王莽毒死汉平帝”，这是新莽末年起义者所编造的谣言，却也知道是一则谣言而已，却被司马光等人当做信史写，这样的错误还是能分辨得出。杨峥细细翻阅几遍，见每一页上基本上都写有自己的见解，以及指出文章的中的错误之处，不由暗暗点头，心道：”看样子，这丫头平日里着实下了一番苦
743章：其中三味(4/6)