王恭厂，朱由检没有什么明确要求，他允许年少轻狂的孙和斗用他年轻人的创新思维去瞎搞，只要能在战场上弄死人，什么巴豆、硫酸、水银都可以随便乱搞。
前面提到化学工艺，自然不得不提朱由检对大明科学院和工程院的建设。
理论奠定工艺的基础，大明不但缺乏专业的化学工艺研究机构，更缺乏自然科学理论建立机构。
朱由检不希望未大明的社会精英们继续把智慧花在考究古诗词的正确读音上，考证性的朴学可以有，但若是作为主流对于一个文明而言就有点畸形了。
将探究真理，皓首穷经的钻研精神花在数理化以及思想建设上或许带的社会意义更大。
大明科学院便是未理论研究的重地，而工程院便是技术研究的重地，或许还有一系列的大学兼具这两者的功能。
这或许给未大明朝廷的财政压力肯定会很大，但他给大明带的财富也是不可估量的。
南京煦园，前永乐年间的汉王府被朱由检拨给了方以智做大明科学院的基地，这些园林放着也是白放着，让其成为学问的圣地倒也不用再花钱选地建房。
而大明工程院，朱由检则直接征用了魏国公的别业愚园，以徐文爵为工程院掌院学士，暂在此地研制金鸡纳霜一事。