蒙古人则以明政府反复无常为借口兴师动武，因此，北方的边患一直未除，明政府的防戍重点一直在北边。
朱元璋在世时，便命大将军徐达于山西、北平练兵，以北平为中心设防。按淮安候华云龙的建议“自永平、蓟州、密云迤西二千余里，关隘一百二十有九皆置戍守“，并于北平、辽东、大同设都司，继在大宁(今内蒙宁城)设北平行都司及营州五屯卫(今辽宁西部内蒙东南部)，领东北地区二十五卫，在今内蒙南部、河北东北部长城以外设二十一卫，在今内蒙托克托附近筑受降城及沿边城堡，同时分封九子于边塞直接控制沿边卫所。
燕王朱棣在“靖难之役”中夺取皇位以后，更加重视北方的边防建设，修复了若干地段低矮简陋的边墙。在东起鸭绿江西到嘉峪关的万里防线上设立九座军镇，分地守御。蓟镇在沿边九镇中，具有特殊的重要地位。有一次嘉靖皇帝向兵部尚书杨博流露忧边之情，杨博说：“今九边蓟镇为重，请敕边臣逐大同寇，使不得近蓟”。
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