六年，清军会攻云南省城，南明永历帝奔永昌，复奔缅甸。清军克永昌、大理，明将领及诸土司先后来降。清廷诏三桂镇云南，命总管军民事，并喻吏、兵二部，凡云南文武官举黜及兵民等，均着吴三桂暂行总管。十七年，清廷户部以云南俸饷岁900余万，议檄满洲兵还京，并裁绿旗兵五分之二。三桂谓边疆不宁，不宜减兵，并上疏举兵南征诛永历帝以绝人望。次年，吴三桂发兵缅甸，屡败李定国、白文选军，并檄缅甸王令执永历帝以献。同年十二月，缅甸王执永历帝献清军。康熙元年(1662)，吴三桂将南明永历帝朱由榔绞死于昆明。清廷晋封三桂为亲王，并命兼辖贵州。吴三桂出镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚受其节制，所辖文武将吏，选用自擅，谓之“西选”。“西选之官”几遍各地。吴三桂自恃势众，久蓄异志，益加骄纵，以明桂王五华山旧宫为藩府；以明黔国公沐氏旧庄700顷为藩庄，又假浚渠筑城为名
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